Na čistilnih napravah poteka proces čiščenja odpadne vode v dveh oziroma treh stopnjah:  

• 1. stopnja: primarno - mehansko čiščenje: Iz odpadne vode se izločijo grobe nečistoče, trdni delci, pesek in maščobe.  
• 2. stopnja: sekundarno - biološko čiščenje: S pomočjo mikroorganizmov (aktivno blato) se odstranjuje organski ogljik. Proces poteka v prezračevalnih bazenih v prisotnosti kisika. 
• 3. stopnja: terciarno – odstranjevanje hranil: Proces poteka v anoksičnih pogojih. S pomočjo aktivnega blata se odstranijo dušikove spojine in delno tudi fosforjeve spojine. Preostanek fosforjevih spojin se odstranjuje s pomočjo koagulanta. 

Obdelava odvečnega blata, ki nastaja v procesu čiščenja odpadne vode, poteka na Centralni čistilni napravi Novo mesto. Linija obdelave blata obsega predzgoščanje na odcejalni mizi, dehidracijo na centrifugi in sušenje v sušilnici blata do končne sušine cca 95% suhe snovi.  Odpadek prevzame pooblaščen prevzemnik. 

Za učinkovito delovanje čistilnih naprav je potrebno redno spremljanje in analiziranje parametrov, ki jih izvajamo v lastnem laboratoriju. Obratovalni monitoring izvaja zunanji pooblaščen izvajalec, katere letna poročila o obratovalnem monitoringu za posamezne čistilne naprave lahko najdete na povezavi monitoring odpadnih voda.

Čistilna naprava	Občina	Velikost (PE)*	Stopnja čiščenja	Tehnologija
CČN Novo mesto	Novo mesto	55000	terciarno	membranska
ČN Brezje	Novo mesto	20	sekundarno	membranska
ČN Brusnice	Novo mesto	800	sekundarno	klasična pretočna
ČN Češča vas	Novo mesto	400	sekundarno	klasična pretočna
ČN Gumberk	Novo mesto	600	sekundarno	klasična pretočna
ČN Luknja- Prečna	Novo mesto	50	sekundarno	membranska
ČN Otočec	Novo mesto	1900	sekundarno	membranska
ČN Prečna	Novo mesto	800	sekundarno	klasična pretočna
ČN Suhadol	Novo mesto	100	sekundarno	klasična pretočna
ČN Veliki Slatnik	Novo mesto	600	sekundarno	membranska
ČN Dolenjske Toplice	Dolenjske Toplice	4000	terciarno in UV dezinfekcija v času kopalne sezone	klasična pretočna
ČN Mirna Peč	Mirna Peč	1000	sekundarno	klasična pretočna
ČN Globodol	Mirna Peč	300	sekundarno	klasična pretočna
ČN Šranga	Mirna Peč	250	sekundarno	pritrjena biomasa na nosilcih
ČN Straža	Straža	5000	terciarno	klasična pretočna
ČN Šmarješke Toplice	Šmarješke Toplice	4000	terciarno	klasična pretočna
ČN Šmarjeta	Šmarješke Toplice	800	sekundarno	klasična pretočna
ČN Žaloviče	Šmarješke Toplice	175	sekundarno	pritrjena biomasa na nosilcih
ČN Žužemberk	Žužemberk	3000	terciarno	klasična pretočna

*PE – populacijski ekvivalent (onesnaženje, ki ga povzroči en človek na dan) 

Birčna vas, Črmošnjice pri Stopičah, Dolenje Lakovnice, Dolnja Težka Voda, Dolž, Gabrje, Gorenje Lakovnice, Gornja Težka Voda, Jama, Jugorje, Mala Cikava, Mali Slatnik, Novo mesto, Pangrč Grm, Plemberk, Sela pri Zajčjem Vrhu, Sevno, Smolenja vas, Stopiče, Stranska vas, Šentjošt, Verdun, Vrhe, Zajčji Vrh pri Stopičah, Ždinja vas.

Brezje.

Leskovec, Male Brusnice, Velike Brusnice in del Dolenjega Suhadola.

Gumberk, Petelinjek, Ratež, Sela pri Ratežu.

Prečna

Prečna.

Dolenjske Toplice, Meniška vas, Obrh, Podhosta, Podturn pri Dol. Toplicah, Sela pri Dol. Toplicah, Suhor pri Dol. Toplicah.

Mirna Peč.

Dolenji Globodol, Gorenji Globodol, Srednji Globodol.

Mirna Peč-Šranga.

Jurka vas, Loke, Podgora, Potok, Prapreče pri Straži, Rumanja vas, Straža, Vavta vas in del Zaloga. 

Brezovica, Dolenje Kronovo, Družinska vas, Gradenje, Sela, Šmarješke Toplice, Strelac.

Žaloviče.